Если  срок моего легального пребывания закончился во время эпидемии, получу ли я какое-либо подтверждение из управления, что я пребываю легально?

Вам не нужно дополнительное подтверждение. Ваше пребывание легально в соответствии с законом от 31/03/2020г. до 30-го дня, следующего за датой отмены закона об эпидемической угрозе \ эпидемии (т.е. последнего введенного состояния).